राज्य की प्रमुख नदियों जैसे गंगा, यमुना, राम गंगा, गोमती, सई, घाघरा, राप्ती, वरूणा, काली (पूर्वी) हिंडन, सरयू, बेतवा, गोविन्द सागर, रिहंद जलाशय, रामगढ़ लेक, समरपुर लेक, माहिल पांड, लक्ष्मी पाण्ड एवं शुक्रताल के 53 चिन्हित स्थलों पर प्रत्येक माह में एक बार नमूने एकत्र कर जल गुणता के अनुश्रवण का कार्य नेशनल वाटर क्वालिटी मानीटरिंग प्रोग्राम के अंतर्गत किया जा रहा है, ताकि नदियों के जल की गुणवत्ता में सभी स्थलों पर सुधार आए।